การระเบิดเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 15 มิถุนายน พ.ศ. 2534 หลังจากสงบลง 600 ปี พื้นที่โดยรอบ 20 กิโลเมตรรู้สึกถึงการระเบิดและถูกปกคลุมด้วยเถ้าภูเขาไฟจนมืดมิดทันที เกิดสะเก็ดภูเขาไฟทำลายสิ่งก่อสร้างในพื้นที่ ลาวาที่ไหลออกมาจากปากปล่องภูเขาไฟเข้าทำลายบ้านเรือนประชาชน เกิดโคลนถล่มและน้ำท่วม และก่อให้เกิดแก๊สซัลเฟอร์ไดออกไซด์ได้ลอยขึ้นสู่บรรยากาศชั้นสตราโทสเฟียร์ถึง 25 ไมล์ และได้ไปผสมกับความชื้นทำให้เกิดเป็นเมฆปกคลุมอยู่รอบโลกถึง 21 วัน นักธรณีวิทยาได้กล่าวไว้ว่า การระเบิดครั้งนี้เป็นครั้งที่รุนแรงและยิ่งใหญ่ที่สุดเท่าที่เคยมีการจดบันทึกไว้ โดยกลุ่มก๊าซซัลเฟอร์ไดออกไซด์ที่เกิดขึ้นจะยังคงปกคลุมและหมุนอยู่รอบโลกไปอีกถึง 5 ปี คาดว่ามีประมาณ 20 ล้านตัน ถึงแม้ว่าการระเบิดของภูเขาปินาตูโบจะส่งสารเคมีไปทั่วโลกทั้งซีกโลกเหนือและซีกโลกใต้ อาคารหลายแห่งถล่มลงมาเพราะการทับถมของหินพัมมิซ ทำให้ทางการเร่งอพยพประชาชนกว่า 40,000 - 331,00 คนออกจากพื้นที่ โรงเรียนหลายแห่งถูกปิด และมีผู้ป่วยโรคทางเดินหายใจเพราะเถ้าภูเขาไฟเป็นจำนวนมาก[5]